Майкл, которого все считали погибшим, оказывается жив и заключён в йеменской тюрьме «Огигия» под именем Каниэль Аутис. Линкольн получает доказательство, что брат не исчез случайно, и собирает Сукре, Бэга и Ноут, чтобы добраться до охваченной войной страны. Пока Сара пытается понять, кто стоит за этой подменой личности, Линкольн ищет путь к Майклу, а сам Майкл готовит побег в условиях, где тюрьма опасна не меньше, чем улицы сражающегося Йемена.

Линкольн, Сукре и Бэга пробираются к «Огигии» через военный хаос
Майкл скрывает прошлое и ведёт опасную игру под именем Каниэль Аутис
Сара ищет связь между исчезновением Майкла и тайным заговором
Бэг, Ноут и Команда помогают друг другу, пока враги сжимают кольцо

Этот сезон заметно короче прежних и устроен не как очередная история о тюремном побеге. В центре - Йемен, гражданская война, погоня через блокпосты и заговор, который связывает новую жизнь Майкла с его прошлым. Тон стал мрачнее и нервнее, а привычная Команда снова действует на ходу, добывая транспорт, поддельные документы и шанс выбраться. При этом семейная линия Линкольна и Сары удерживает историю от превращения в один военный триллер.