Майкл следит за Уистлером, Сьюзен и Махоуном, но быстро понимает, что привычная охота ведёт к новой игре. В центре этой игры оказывается «Сцилла» - загадочный носитель сведений о «Компании» и её тайных проектах. Майкл и Линкольн получают шанс очистить свои имена, если соберут Команду и добудут устройство раньше противников. К ним присоединяются Сара, Сукре и Беллик, а рядом оказывается даже Бэг. Пока герои ищут хранителей «Сциллы», Сьюзен вновь ставит жизнь Сары под удар, а Махоун сталкивается с личными счётами.

Майкл и Линкольн собирают Команду для охоты за «Сциллой».
Махоун пытается защитить Сару и разобраться с личным прошлым.
Сьюзен преследует Сару, пока Майкл раскрывает план «Компании».
Бэг выдаёт себя за другого и ищет путь к хранителям «Сциллы».

Четвёртый сезон заметно меняет правила «Побега»: вместо тюремных стен герои получают слежку, подставные личности и операцию, где важна каждая деталь. История звучит как шпионский триллер с ограблением в центре, но не теряет семейного напряжения. Майкл и Линкольн спорят о цене свободы, Сара возвращается в опасную игру, а Махоун работает рядом с теми, кому не доверяет. Союзы непрочны, враги умеют ждать, а «Сцилла» превращает решения в риск для всей Команды.