Свобода для беглецов из «Фокс-Ривер» оказывается короткой передышкой: за Майклом, Линкольном и их товарищами сразу отправляется агент ФБР Махоун. Пока полиция стягивает кольцо, Сара пытается доказать, что не участвовала в организации побега, а Беллик покидает тюрьму и сам включается в преследование. Майкл и Линкольн не могут просто скрываться: им нужно добраться до Эл Джея, разобраться с картой, ведущей к спрятанным деньгам, и не потерять друг друга среди хаоса. Тем временем Сукре, Бэг, Ноут и другие беглецы выбирают свои маршруты, а Абруцци возвращается к старой мести.

Махоун ведёт охоту на Майкла, Линкольна и остальных беглецов
Майкл и Линкольн пытаются спасти Эл Джея и добраться до денег
Сара скрывается, пока следствие ищет связь с побегом из «Фокс-Ривер»
Сукре, Бэг и Ноут выбирают собственные пути, уходя от Махоуна

Вместо замкнутого пространства тюрьмы история превращается в стремительный триллер о бегстве по всей стране. У каждого участника теперь своя цель, поэтому бывшая Команда распадается на временные союзы, случайные встречи и опасные сделки. Махоун не просто преследует героев, а разбирает их поведение как опытный охотник, заставляя Майкла менять планы на ходу. Сезон заметно шире и нервнее прежнего: здесь больше дороги, скрытых мотивов, семейных рисков и политического давления, но напряжение по-прежнему строится на точных уловках Майкла и цене свободы.