Майкл, Махоун, Беллик и Бэг оказываются в «Соне», панамской тюрьме, где заключённые сами устанавливают правила, а охрана почти не вмешивается. «Компания» давит на Линкольна и предлагает ему сделку: свобода Майкла зависит от побега Уистлера, человека, которого держат внутри. Пока Майкл ищет путь к цели и собирает сведения о тюрьме, Линкольн пытается защитить Сару и понять, чего от него хотят. Бэг тем временем старается войти в доверие к Лечеро, а Махоун всё тяжелее переносит последствия зависимости.

Майкл изучает Сону и ищет способ вывести Уистлера наружу.
Линкольн ведёт переговоры с Сьюзен и получает угрозы от «Компании».
Бэг выслуживается перед Лечеро, лавируя между опасными союзниками.
Махоун борется с ломкой, а Сукре помогает Линкольну снаружи.

Третий сезон заметно мрачнее и теснее предыдущих: вместо привычной игры с несколькими уровнями заговора действие почти сразу запирает героев в Соне, среди жары, грязи, нехватки воды и постоянной угрозы бунта. Побег здесь не выглядит точным планом Майкла: ему приходится договариваться с людьми, которым нельзя доверять, учитывать правила Лечеро и одновременно реагировать на давление снаружи. Линия Линкольна сохраняет масштаб триллера, но становится личнее из-за новостей о Саре и требований Сьюзен.